法人設立届出書の期限を過ぎたら：期限後に出すときと、青色申告の申請の期限（2期目からなら第1期の末日まで）

結論

まず今日、法人設立届出書を定款の写しを付けて税務署に出します（e-Tax でも書面でも出せます）。そのうえで、法人設立届出書より大事なのは青色申告の承認申請書の期限です。1期目の期限が過ぎていても、2期目から青色にする期限（2期目が始まる日の前日まで）が残っています。

日付を入れると期限が出るツール：設立の届出

まず、どの期限を過ぎたのかを確かめる

「法人設立届出書の期限を過ぎた」と気づいたときは、同じ時期に期限が来るほかの届出も過ぎていることが多いです。設立の日（登記の日）から、届出ごとの期限を書き出して、過ぎたもの・まだ間に合うもの に分けます。

例として、2026-07-15（水）に設立の登記をした3月決算の会社が、2026-10-01（木）に気づいた 場合です。数え方（設立の日を1日目に数える）で1日ずれることがあるので、日付は推定を含みます。正式な期限は税務署で確かめます。

給与支払事務所等の開設届出書は「開設してから1か月以内」なので、初日を数えずに計算しています。期限が土曜・日曜・祝日に当たるときは、その翌日（休日明け）が期限になります（国税通則法10条2項。国税庁 No.5100 にも同じ趣旨の記載）。

この例のように、法人設立届出書（2か月）は過ぎていても、青色申告（約3か月）はまだ間に合う ことがあります。気づいた日に、青色申告の承認申請書も一緒に出せば、1期目から青色申告にできる見込みです。

青色申告の承認申請書などの「必要に応じて提出する書類」は、提出期限が休日等に当たる場合は、休日等明けの日が提出期限になります（国税庁 No.5100）。

気づいた日にやる順番

1. 法人設立届出書を、今日出す

• 出すもの：法人設立届出書と、定款、寄附行為、規則または規約等の写し（国税庁 No.5100）
• 出し方：e-Tax か書面で、納税地の所轄税務署長に出します（同）。書面のときは、届出書と添付書類を1部、持参か送付です（国税庁 C1-4 内国普通法人等の設立の届出）。窓口に持って行くときは、2026-10-01 から税務署の総合窓口の受付時間が原則 9時〜15時になっています（同）
• 電子でまとめて出すとき：法人設立ワンストップサービス（マイナポータル）も使えます。利用にはマイナンバーカード（スマートフォンのマイナンバーカードでも可）が必要です。申請できる手続は、同サービスの「申請可能な手続一覧」で確かめます（法人設立ワンストップサービス よくある質問）
• 日付の欄：届出書の提出の日は、実際に出す日を書きます。設立の日は登記の日のままです。期限に合わせて日付を前にずらさない
• 控え：書面なら提出した届出書の写しと、送付した日の記録を残します。e-Tax なら受信通知を保存します。あとで「いつ出したか」を説明する材料になります

国税庁の案内（No.5100・C1-4）には、期限を過ぎて出したときの扱いの記載がありません。遅れた理由を書く欄もないので、気になるときは、出すときに税務署の窓口か電話で「設立から2か月を過ぎてしまった」と伝えて確かめます。

2. 青色申告の承認申請書が、1期目に間に合うかを確かめる

1期目から青色申告にする期限は、次の2つの日のうち 早いほうの前日 です（国税庁 C1-19 青色申告書の承認の申請「提出時期」1）。

1. 設立の日以後3か月を経過した日
2. 設立第1期の事業年度終了の日

決算月の直前に設立した会社（例：3月決算で2月に設立）は、2の「第1期の終了の日」が先に来るので、期限がとても短くなります。

• 間に合う：法人設立届出書と同じ日に出します。出したあと、青色申告で申告しようとする事業年度の終了の日（中間申告書を出す法人は、事業年度開始の日以後6か月を経過する日）までに承認か却下の処分がなかったときは、その日に承認があったものとみなされます（C1-19「備考」2 みなし承認）
• 間に合わない：下の「青色申告の申請が1期目に間に合わなかったとき」へ

3. 事前確定届出給与と、消費税の届出を確かめる

• 役員に決まった時期・決まった額の賞与を出す予定がある会社：事前確定届出給与に関する届出の期限は、設立の日以後2か月を経過する日で、法人設立届出書とほぼ同じ時期に来ます。届出が損金算入の要件です（No.5211）。期限を過ぎたときは、上の表の「やむを得ない事情」の扱いに当たるかを、顧問の税理士か税務署に確かめます。当たるかどうかを自分で決めて進めない
• 1期目から消費税の課税事業者・簡易課税を選ぶ会社：1期目の末日まで出せます（No.6629）。法人設立届出書が遅れていても、こちらはたいてい間に合います。選ぶかどうかは、インボイスの登録とあわせて税理士と決めます

4. 給与支払事務所等の開設届出書と、地方税の届出も出す

• 給与支払事務所等の開設届出書：役員報酬・給与を払う会社は、開設してから1か月以内です（No.2502）。法人設立届出書より先に期限が来るので、たいてい一緒に過ぎています。同じ日に出します
• 地方税の届出：都道府県・市区町村への届出は、期限が自治体ごとに違います。東京都の「法人設立・設置届出書」は、事業を開始した日から15日以内 に所管の都税事務所（都税支所）・支庁へ出します（東京都主税局）。税務署の2か月より短いので、税務署の分が遅れた会社は、地方税の分も過ぎていることが多いです。東京都主税局のページにも、期限を過ぎたときの扱いの記載はありませんでした

届出ごとの提出先と添付の一覧は 会社を設立したら出す届出の一覧 にあります。

5. 出した日を書き残す

青色申告の申請が1期目に間に合わなかったとき

2期目から青色にする期限

1期目の期限を過ぎたときは、2期目から青色申告にする申請に切り替えます。2期目以降の期限は、青色申告によって申告書を提出しようとする事業年度開始の日の前日まで です（C1-19「提出時期」）。3月決算の会社なら、2期目が始まる4月1日の前日、つまり 第1期の末日の3月31日 です。

1期目が3か月に満たない会社は、2期目が始まってからでも、設立から3か月までは2期目の分として出せる、という決まりです。例の会社の1期目の期限は、3月31日（第1期の終了の日）の前日の 2027-03-30（火） です。

期限を過ぎてから出した申請書を、税務署が次の事業年度の分として扱うのかどうかは、国税庁の案内（C1-19・No.5100）には書かれていません。出す前に、どの事業年度から青色にする申請なのかを決めてから出します。迷うときは、出す前に税務署に確かめます。

1期目が青色でないと、何が変わるか

1期目は、青色申告でない申告（白色）になります。担当者がまず知っておきたいのは、赤字（欠損金）の繰越しです。

• 欠損金の繰越控除は、欠損金額が生じた事業年度に青色申告書である確定申告書を提出し、その後の各事業年度も連続して確定申告書を提出している法人 が対象です（国税庁 No.5762）
• 1期目が白色で赤字（欠損金）が出たときは、その期の赤字は、この繰越控除の対象から外れることになります（No.5762 の要件からの読み取り）

青色申告にすると受けられる特例はほかにもあります。どれがその会社に関わるか、白色の1期目をどう申告するかは、顧問の税理士に確かめます。

自分から出す場合と、税務署から連絡が来てから

法人設立届出書について、国税庁の案内には、自分から期限後に出した場合と、税務署から連絡を受けてから出した場合とで扱いを分ける記載はありません（2026-10-01 確認）。源泉所得税の不納付加算税のように、期限後に自分から納めたかどうかで割合が変わる決まりとは違います（源泉の遅れは 源泉所得税の納付が遅れたら）。

ただし、税務署から届いた書類や電話があったときは、その内容（書類の名前・日付・担当の部門）をそのまま控えてから動きます。顧問の税理士がいれば、そのまま伝えます。

次から遅れないために

• 設立の日が決まったら、その日に期限を全部書き出す：上の表の5つと、地方税・年金事務所の届出です。税務署の分は期限がばらばら（1か月・2か月・約3か月・1期目の末）なので、設立から1か月以内に、税務署の分をまとめて出す と、期限の違いを気にせずに済みます
• 青色申告の期限は、カレンダーに日付で入れる：「3か月以内」と覚えていると、決算月の直前に設立した会社では間に合いません
• 登記を頼んだ司法書士・設立の手続きの代行に、どこまで含まれるかを確かめる：設立の登記と、税務署・都道府県への届出は、頼む先が違うことが多いところです
• 1人で設立の手続きを回しているときは、期限を見る人を置く：社長と担当者のどちらが出すかを決めていないと、両方が「相手が出した」と思ったまま過ぎます

設立直後の届出と1期目の決算をまとめて見てもらう税理士がまだいない会社は、無料の紹介で探せます。青色申告の申請・事前確定届出給与・消費税の選択は、どれも1期目の税金に関わり、1期目の途中に期限が来ます。

申し込むときは、どの届出がいつ遅れたか（上の「まず、どの期限を過ぎたのかを確かめる」）を先に伝えます。2つの紹介サービスの違いは次のとおりです。

税理士に頼むかどうかの線

どの専門家に何を聞くかは 税理士・社労士・弁護士への聞き分け にあります。設立したばかりの会社が税理士を探す前に決めておくこと（頼む範囲）は 設立したばかりの会社の顧問税理士の探し方 にまとめています。

この記事で紹介したサービス

広告会社の顧問税理士を探す・変える、決算だけ頼む人向け

紹介は無料・断るのは自由・顧問の変更や決算だけの相談もできる（公式サイトで確かめた日 2026年10月1日）

税理士ドットコムで税理士を探す（無料）

申し込むと、コーディネーターから電話かメールで連絡があり、状況と希望を聞かれます。そのうえで条件に合う税理士が紹介されます（依頼から1営業日が目安）。見積もりを断るときも、コーディネーターが伝えます（公式の「ご利用の流れ」「よくある質問」と、広告の詳細資料で確かめた日 2026年10月4日）

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• 設立した月に払う役員報酬と、源泉所得税の納期の特例：設立1期目の役員報酬を給与ソフトで払う手順
• 源泉所得税の納付も遅れていたとき：源泉所得税の納付が遅れたら
• 年明けの法定調書・給与支払報告書が遅れたとき：法定調書が遅れたら

出典（2026-10-01 確認）

• 国税庁 No.5100 新設法人の届出書類（令和8年4月1日現在法令等）
• 国税庁 C1-4 内国普通法人等の設立の届出・C1-19 青色申告書の承認の申請
• 国税庁 No.5211 役員に対する給与（平成29年4月1日以後支給決議分）
• 国税庁 No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除
• 国税庁 No.6629 消費税の各種届出書
• 国税庁 No.2502 源泉徴収義務者とは
• 東京都主税局 法人事業税・法人都民税（法人を設立したとき）
• 法人設立ワンストップサービス よくある質問