従業員が休職するときの手続き（会社側）：社会保険は続く、保険料の集め方、傷病手当金の事業主の欄

結論

私傷病の休職では、年金事務所やハローワークに出す「休職の届出」はありません。健康保険・厚生年金の資格も保険料も続きます。会社の仕事は3つで、保険料と住民税の集め方を決めること、住民税の異動届を出すこと（豊島区の例で、異動があった月の翌月10日まで）、傷病手当金支給申請書の3ページ目（事業主記入用）を申請のたびに書くことです。

この記事で扱う休職

• 業務の外で起きた病気・けが（私傷病）で、就業規則の休職に入る場合
• 休職中は給与が出ない（または一部だけ出る）会社
• 健康保険は協会けんぽ

業務が原因の病気・けがは労災保険の対象で、傷病手当金は「業務外の事由による病気やケガの療養のための休業であること」が条件です（協会けんぽ）。産休・育休・介護休業は、それぞれ 産休・育休の手続き・介護休業の手続き を見てください。休職中の保険料を会社が立て替えるときの仕訳は 給与が出ない月の社会保険料 にまとめています。この記事は手続きだけを扱います。

診断書を受け取った日から並べた順番

例として、給与が末締め・翌月25日払い、社会保険料は前月分を当月の給与から引く会社で、従業員Bさんが 2026-10-30（金）に診断書を出し、2026-11-02（月）から休職に入る 場合を並べます。曜日は暦で確かめたものです。住民税の期限は自治体の文言を当てはめた 目安（推定）なので、本人の住所地の市区町村で確かめてください。

保険料の納付期限は、休職中でもふだんと同じで、納付の対象の月の翌月末日（休日なら翌日以降の最初の営業日）です（日本年金機構 納付期限）。立て替えた月の日付と仕訳は 給与が出ない月の社会保険料 の表で確かめてください。

1. 休職に入るとき：診断書と、本人への知らせ

休職の制度は法律で決まった様式があるものではなく、就業規則で決めるものです。厚生労働省の「心の健康問題により休業した労働者の職場復帰支援の手引き」は、休業の始まりを次のように書いています。

• 診断書は、主治医が作ったものを本人から受け取る。病気休業が必要なことに加えて、「必要な療養期間の見込みについて明記してもらうことが望ましい」
• 休業を始める本人には、療養に専念できるよう安心させると同時に、「休業中の事務手続きや職場復帰支援の手順についての説明を行う」
• 傷病手当金などの公的な制度について、会社が本人に手続きの情報を渡すことが望まれる
• 休業中に連絡をとるなら、「診断書や傷病手当金申請書の提出のタイミングに行うと、本人への負担が軽減されることがある」

手引きは、私傷病の休業の最長の期間や、その期間が満了したあとの扱いを、あらかじめ就業規則等に定めて周知しておくことが望ましいとしています。休職の規定が無い会社は、この機会に社労士に相談する項目です。

出典：厚生労働省 心の健康問題により休業した労働者の職場復帰支援の手引き（2026-10-02確認）

2. 社会保険：資格も保険料も続く

• 資格：日本年金機構の資格喪失の手続きは「従業員が退職・死亡したとき」のものです。休職は在籍したままなので、資格喪失届は出しません
• 保険料：日本年金機構の 保険料の免除 の案内にあるのは、産前産後休業と育児休業等の免除だけです。私傷病の休職には免除の届出がなく、本人負担分・会社負担分ともに毎月かかります
• 標準報酬月額：休職給（休職中に出す低い給与）に下がっても、月額変更届は出しません。日本年金機構は「休職による休職給を受けた場合は、固定的賃金の変動がある場合には該当しないため、随時改定の対象とはなりません」としています
• 算定基礎届：休職が4〜6月にかかる年も、7月の算定基礎届は出します。日本年金機構の保険者決定の案内では、「病気欠勤等によって4月、5月、6月に報酬をまったく受けない場合」と、3か月とも低額の休職給を受けた場合は、従前の標準報酬月額で決まります。1〜2か月だけ低額の休職給なら、その月を除いて計算します。届書の書き方は 算定基礎届の期限 を見てください

給与が0円の月は本人負担分を給与から引けないので、休職に入る前に集め方を決めます。毎月振り込んでもらう、復職後の給与から引く、退職のときに精算する、の3つが考えられ、どれも書面に残します。仕訳と端数は 給与が出ない月の社会保険料 にあります。

雇用保険：大阪労働局は、雇用保険の被保険者負担額は「毎月の賃金総額に上記の被保険者負担率を乗じて得た額を控除する」としています。賃金が0円の月は、雇用保険料の本人負担も0円です。

出典：日本年金機構 従業員が退職・死亡したとき・随時改定（ページの更新日 2026-07-13）・保険者決定（ページの更新日 2026-05-21）、大阪労働局 労働保険料の計算方法（2026-10-02確認）

3. 住民税：給与が出ないなら、異動届で普通徴収へ

給与が0円の月は、住民税も給与から引けません。

• 豊島区：「給与の支払がなくなり特別徴収ができなくなった場合は、給与支払者が「異動届出書」を豊島区に提出してください」。長期の休職（育児休業・病気休職など）もこれに当たり、期限は「異動があった月の翌月10日まで」です
• さいたま市：FAQ で、育児休業や長期の欠勤、休職などで給与の支給がなくなる場合は、給与所得者異動届出書を出して普通徴収に切り替えることができる、としています。様式の名前は「給与支払報告特別徴収に係る給与所得者異動届出書」
• 横浜市：休職中の従業員の給与支払報告書（1月に出すもの）は、普通徴収切替理由書と個人別明細書の摘要欄に「普Ｆ」と書いて普通徴収にします

休職が1月1日〜4月30日に始まるときは扱いが変わります。さいたま市は「納税義務者が退職・休職した場合は、上記の通りその時期により取扱いが異なります」としています。そのうえで、この期間は「特別徴収できない税額は、納税義務者本人からの申し出がなくても、5月31日までの間に支払いをする給与又は退職手当等から一括して特別徴収しなければなりません」としています。豊島区も、1月以降の退職は「原則として、普通徴収には切替できません」としています。この時期に休職が始まるときは、最後の給与から引く額を、本人の住所地の市区町村に先に確かめます。

普通徴収に切り替えると、残りの税額は市区町村から本人に届く納付書で、本人が払います。豊島区は、本人あてに普通徴収の納付書を送るので、特別徴収義務者用の納入書を本人に渡さないよう求めています。本人がそのことを知らないと、届いた納付書に驚くので、切り替える前に知らせます（下の文面の4）。切り替えずに会社が立て替える形をとるかどうかは、本人と決めたうえで市区町村に確かめます。

出典：豊島区 こんなときはどうしたら（ページの更新日 2025-09-18）。さいたま市 従業員が休職中のため普通徴収に切替えることはできますか・異動届出書の提出について（従業員が退職・休職した場合）（ページの更新日 2025-09-02）。横浜市 個人住民税の特別徴収に関するよくあるご質問（2026-10-02確認）

4. 傷病手当金：会社が書くのは3ページ目だけ

申請するのは本人です。申請書は4ページで、1〜2ページが被保険者記入用、3ページが事業主記入用、4ページが療養担当者（医師）記入用です。

支給の条件（協会けんぽ）

支給期間は「支給を開始した日から通算して1年6か月」です。

3ページ目（事業主記入用）の書き方（手書き用記入例から）

• 記入例には「出勤簿や賃金台帳の写し等の書類は、添付しないでください」とあります
• 申請期間が3か月を超えるときは、申請書を分けます
• 退職して資格を失ったあとの期間の申請では、事業主記入用は空欄で出します

退職するときの継続給付

被保険者期間が継続して1年以上あり、資格喪失日の前日に傷病手当金を受けているか受けられる状態なら、退職後も引き続き受けられます。協会けんぽは「一旦仕事に就くことできる状態になった場合、その後更に仕事に就くことができない状態になっても、傷病手当金は支給されません」としています。休職のまま退職の話になったときは、退職日の扱いを本人に先に伝えます。退職の届出は 従業員が退職したら を見てください。

出典：協会けんぽ 傷病手当金、健康保険傷病手当金支給申請書、手書き用記入例（PDF）（2026-10-02確認）

本人に送る文面（休職に入るとき）

そのまま送れる形です。長い説明を一度に読ませないよう、5つまでにしています。

件名：休職中の手続きについて（返信は急ぎません）

◯◯さん

診断書をお預かりしました。◯年◯月◯日から◯年◯月◯日まで、休職として扱います。
療養に専念してください。手続きは会社で進めます。◯◯さんにお願いすることは、次の5つだけです。

1. 連絡の窓口：◯◯（メール ◯◯）。会社からの連絡は、月に1回、傷病手当金の申請書をお送りするときだけにします。
2. 傷病手当金：協会けんぽに◯◯さんが申請します。1〜2ページを◯◯さん、4ページを主治医、3ページを会社が書きます。区切りは1か月ごとを考えています（3か月を超えるときは分けます）。
3. 社会保険料：休職中もかかります。給与が出ない月の本人負担分（毎月 ◯◯円）は、（毎月◯日までに振込／復職後の給与から◯回に分けて差し引き）とさせてください。
4. 住民税：給与から引けなくなるため、市区町村からご自宅に納付書が届く形（普通徴収）に切り替えます。届いた納付書でお支払いください。
5. 復職のとき：主治医から、復職できるという診断書をもらってください。

わからないことがあれば、1. の窓口にいつでもどうぞ。

• 連絡の回数は、手引きのとおり、申請書のやり取りに合わせると本人の負担が軽くなります
• 3 の金額は、給与ソフトの本人負担分の数字を書きます（自分で料率を掛けない）

給与ソフトでやる場合（マネーフォワード クラウド給与）

公式ヘルプにある休職の登録の流れは次のとおりです（ページの更新日 2026-09-29）。

1. 「従業員情報」画面の「一般情報」にある「休職・休業情報」で「編集」を押す
2. 「＋追加」を押して、「休職・休業開始日」「休職・休業終了日」などを入れる
3. 「更新する」を押し、「給与計算」か「賞与計算」の画面で結果を確かめる

ヘルプでは、この登録で休職に伴う支給額や社会保険料が自動で計算できるとされ、休職に入る月・出る月は「日割り計算控除」で日割りにできます。

休職中の月の明細で見るところは2つです。社会保険料の本人負担分が0円になっていないか（免除は無いので、0円なら設定の誤り）と、住民税を普通徴収に切り替えたあとに特別徴収の欄が残っていないかです。

人事マスタと連携している場合は注意があります。2026-09-15 のお知らせ（09-29 追記）で、人事マスタから取り込むと「休職・休業情報」は登録されている履歴をすべて取り込み、クラウド給与にだけある履歴は削除される、とされています。休職の期間は人事マスタの側にも入れておきます。

出典：休職・休業情報の設定方法（マネーフォワード クラウド給与 ヘルプ）、人事マスタとの連携のお知らせ（2026-10-02確認）

つまずきやすいところ

• 休職の届出を探す：年金事務所にもハローワークにも、私傷病の休職を届ける様式はありません。出すのは住民税の異動届（給与が出ない場合）と、傷病手当金の3ページ目です
• 保険料が止まると思い込む：免除は産休・育休だけです。給与ソフトで0円になっていたら、設定を見直します
• 休職給に下げて月額変更届を出す：休職給は随時改定の対象になりません
• 3ページ目に出勤簿を付ける：記入例は、出勤簿や賃金台帳の写しを添付しないよう求めています
• 証明の日付を申請期間の途中にする：証明は、申請期間が過ぎたあとの日付で書きます
• 通勤手当の定期代を書き漏らす：出勤の有無に関わらず払っている手当は、休職中の期間にかかれば金額を書きます。傷病手当金が調整されます
• 住民税の切り替えを本人に言わない：納付書が突然届く形になります。切り替える前に知らせます
• 1〜4月に始まる休職も普通徴収に切り替えられると思い込む：さいたま市は、1月1日〜4月30日の休職は5月31日までに払う給与などから一括して特別徴収する扱いとしています。この時期は市区町村に先に確かめます
• 異動届の期限を遅い方の月で数える：休職のときにどの月を異動の月とするかは、豊島区のページに書かれていません。休職に入った月の翌月10日までに出せば、どちらで数えても間に合います
• 人事マスタから取り込んで休職の期間が消える：クラウド給与にだけ入れた休職の履歴は、取り込みで消えます

次に読む

• 休職中の保険料を立て替えるときの仕訳と回収：給与が出ない月の社会保険料
• 休職のまま退職になったとき：従業員が退職したら（会社側）
• 休職が4〜6月にかかる年の算定基礎届：算定基礎届の期限
• 手続きを一人で抱えきれないとき：労務が一人で回らなくなったら