PayPal の手数料の勘定科目と消費税：入金から差し引かれた手数料の仕訳
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結論
PayPal の手数料は「支払手数料」で入れる会社が多い科目です（会社の決めた科目に合わせます）。売上は差し引かれる前の額で立て、手数料を別の行に分けます。消費税の税区分は、PayPal の手数料ページに記載が無く、国税庁の資料にも PayPal の手数料を名指しした扱いは見つかりませんでした。税区分の欄は空けたまま、顧問の税理士に確認してから埋めます。 請求元の PayPal Pte. Ltd. は、登録番号 T3700150006491 で公表サイトに載っています。
| 確かめること | PayPal・国税庁に書かれていること | 経理で使うところ | 出典 |
|---|---|---|---|
| 誰が手数料を取るか | 日本の PayPal の資金決済法に基づく表示は PayPal Pte. Ltd.（シンガポールの会社）。公表サイトの登録番号は T3700150006491、登録年月日は令和5年10月1日 | 仕訳の摘要・取引先の名前 | PayPal の資金決済法に基づく表示・公表サイト |
| 国内の取引の受取手数料 | 3.60%＋40円（1件ごと） | 入金額と手数料の照らし合わせ | PayPal の手数料ページ（最終更新日 2026-01-22） |
| 海外の買い手からの受け取り | 上の率に「+0.50%」 | 海外の売上の行 | 同上 |
| 外貨で受け取って円にする | 「基本為替レートに4.00%を上乗せしたレート」。手数料の欄ではなく、換算のレートに入る | 為替の差の行 | 同上 |
| 返金したとき | 返金の手数料はかからないが、受け取ったときの手数料は戻らない | 返金の仕訳 | 同上 |
| 銀行口座へ引き出す | 50,000円以上は無料、50,000円未満は250円（通貨換算が含まれていない場合）。即時引き出しは2.00%（下限500円・上限2,000円） | 引き出しの仕訳 | 同上 |
| 消費税の扱い | 手数料ページに記載なし（2026-10-02 確認） | 税区分は空欄のまま、顧問の税理士に確認 | — |
この記事が役に立つ人
- PayPal で代金を受け取っていて、入金の額が請求の額より少なく、差の行をどの科目にするか手が止まっている経理の担当者
- PayPal の手数料を「対象外」「非課税仕入」「課税仕入れ」のどれで入れるか、前の担当者の設定のままで不安な人
- 海外の取引先からドルで受け取り、手数料と為替の差がまとめて引かれていて、行の分け方が分からない人
- 返金したのに手数料が戻らず、残った差の入れ方に迷っている人
請求元：PayPal Pte. Ltd.（シンガポール）と、その登録番号
日本の PayPal のアカウントのサービスを提供しているのは、シンガポールの PayPal Pte. Ltd. です。PayPal の「資金決済法に基づく表示」は、「第二種資金移動業として提供されるPayPalサービスは、銀行等が提供する為替取引とは異なります。」と書き、預金保険の保険金の支払いの対象にならないことも書いています。
国税庁の公表サイトには、次のとおり載っています（2026-10-02 確認）。
| 公表サイトの名称 | 登録番号 | 本店の所在地 | 国内の事務所の所在地 | 登録年月日 | 公表サイトの最終更新 |
|---|---|---|---|---|---|
| ＰａｙＰａｌ Ｐｔｅ． Ｌｔｄ． | T3700150006491 | 5 Temasek Boulevard 09-01 Suntec Tower 5 Singapore 038985 | 東京都港区北青山3丁目11番7号 Aoビル15階 | 2023-10-01（令和5年10月1日） | 2023-04-10（令和5年4月10日） |
- 登録は 事業者ごと に行うもので、登録番号があることだけでは、PayPal のどの手数料が課税になるかは決まりません。手数料の税区分は、下の「消費税」の節のとおり、顧問の税理士に確認します
- 登録番号を摘要やメモに残すときは、公表サイトで確かめた日を一緒に書いておきます。年に1回、失効の欄が増えていないかを見直すと、引き継ぎのときに説明しやすくなります
手数料の額：国内 3.60%＋40円、海外は +0.50%
PayPal の手数料ページ（最終更新日 2026-01-22）に書かれている受取手数料です。手数料は、受け取った代金から 先に差し引かれて PayPal の残高に入ります。
| 受け取りの種類 | 手数料ページの記載 | 1万円を受け取ったときの例（説明のための計算） |
|---|---|---|
| 国内の取引 | 3.60%＋40円 | 360円＋40円＝400円が引かれ、残高に9,600円 |
| 海外の買い手からの取引 | 上の率に +0.50% | 4.10%として 410円＋40円＝450円（推定。実際の額は取引の詳細の画面で調べる） |
| 外貨で受け取り、円にする | 基本為替レートに4.00%を上乗せしたレート | 手数料の欄には出ず、円に換えた額が少なくなる形で出る |
実際に引かれた額は、PayPal の［取引履歴］で取引を選ぶと、取引の詳細に出ます（PayPal のヘルプ PayPalアカウントに対する手数料の金額を教えてください。）。料金は変わることがあるので、仕訳の根拠は 手数料ページの率ではなく、取引の詳細の額 にします。
消費税：国税庁の資料で分かることと、分からないこと
PayPal の手数料の税区分は、会社によって入れ方がばらつきやすいところです。国税庁の資料で確かめられたのは、次の3つまでです。
| 国税庁の資料 | 書かれていること | PayPal の手数料との関係 |
|---|---|---|
| 質疑応答事例「クレジット手数料」 | 「信販会社が加盟店から譲り受ける債権の額（100）と加盟店への支払額（90）との差額（10）は、消費税法施行令第10条第3項第8号に該当し、非課税となります。」 | カード会社が 売上の債権を譲り受ける 形の手数料の話。PayPal の手数料がこの形に当たるかは、資料に書かれていない |
| インボイスQ&A 問103-2 | 金融機関の入出金や振込みのサービスを、適格簡易請求書の交付の対象になる課税資産の譲渡等として扱っている | 銀行の振込・入出金の手数料の話。PayPal の名前は出てこない |
| No.6201 非課税となる取引 | 主な非課税取引として「金銭債権などの譲渡」（有価証券等の譲渡の中）、「支払手段の譲渡」、「外国為替業務に係る役務の提供」などを挙げている | 主な非課税取引の中に、決済サービスや資金移動業の手数料を名指しした項目は無い |
PayPal の側でも、手数料ページに消費税の記載はありませんでした（2026-10-02 確認）。つまり、PayPal の手数料が課税・非課税・対象外のどれになるかは、国税庁と PayPal の公式の資料のどちらにも書かれていない というところまで確かめた状態です。
だから、この記事では税区分を決めません。仕訳の例の税区分の欄も空けてあります。顧問の税理士に、下の「送る一言」で聞いてから埋めます。決めたあとは、毎月同じ税区分にそろえておくと、決算のときに1行ずつ見直す手間が減ります。
仕訳の例（4つ）
金額は説明のための数字です。PayPal の残高は、会社によって「預け金」「普通預金（補助科目 PayPal）」など入れ方が違います。ここでは「PayPal残高」と書きます。税区分の欄は、顧問の税理士に確認してから埋めます。
1. 国内の取引先から1万円を受け取った（売掛金の回収）
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 | 摘要 | 税区分 |
|---|---|---|---|---|---|
| PayPal残高 | 9,600 | 売掛金 | 10,000 | ◯◯社 ◯月分 PayPal 受取 | — |
| 支払手数料 | 400 | PayPal 受取手数料（PayPal Pte. Ltd.） | （空欄。顧問の税理士に確認） |
- 売上を 差し引かれたあとの 9,600円 で立てると、売上が手数料の分だけ少なく出て、請求書の額と合わなくなります。売掛金（または売上）は 10,000円のまま消し、手数料は別の行に出します
- 摘要に PayPal の取引 ID を入れておくと、PayPal の取引履歴と1行ずつ照らせます
2. PayPal の残高を、会社の銀行口座へ移した
PayPal の手数料ページ（最終更新日 2026-01-22）では、銀行口座への引き出しは 50,000円以上なら無料、50,000円未満なら250円（通貨換算が含まれていない場合）です。即時引き出しは2.00%（下限500円・上限2,000円）です。
(a) 残高が 50,000円以上たまってから引き出した（例：60,000円）
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 | 摘要 | 税区分 |
|---|---|---|---|---|---|
| 普通預金 | 60,000 | PayPal残高 | 60,000 | PayPal から ◯◯銀行へ 引き出し | — |
(b) 1の 9,600円をすぐ引き出した（50,000円未満なので250円）
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 | 摘要 | 税区分 |
|---|---|---|---|---|---|
| 普通預金 | 9,350 | PayPal残高 | 9,600 | PayPal から ◯◯銀行へ 引き出し | — |
| 支払手数料 | 250 | PayPal 引き出し手数料（PayPal Pte. Ltd.） | （空欄。顧問の税理士に確認） |
- 口座のあいだを移した部分は、損益は出ません。引き出しの手数料だけを別の行に分けます
- 月に何度も少額で引き出すと、そのたびに250円がかかります。残高が50,000円以上になってから月に1回引き出す と決めておくと、手数料の行も月1行で済みます（会社の資金繰りに合わせて決めます）
- 実際に引かれた額は、取引履歴の引き出しの行で確かめます
3. 受け取った代金を全額返金した
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 | 摘要 | 税区分 |
|---|---|---|---|---|---|
| 売上高（または売上値引・返品） | 10,000 | PayPal残高 | 10,000 | ◯◯社 返金 PayPal | 売上を立てたときの税区分に合わせる |
- PayPal の手数料ページは、返金に手数料はかからないが、受け取ったときの手数料は戻らない と書いています。だから1で入れた支払手数料 400円は、そのまま費用に残ります
- 残高が返金の額に足りないときの扱いは、取引の詳細の画面で、何がどこから引かれたかを見てから入れます
4. 海外の取引先から米ドルで受け取り、円に換えた
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 | 摘要 | 税区分 |
|---|---|---|---|---|---|
| PayPal残高 | （円に換えた額） | 売掛金 | （請求の円の額） | ◯◯ Inc. ◯月分 USD 受取 | — |
| 支払手数料 | （取引の詳細の手数料） | PayPal 受取手数料（海外） | （空欄。顧問の税理士に確認） | ||
| 為替差損（または為替差益） | （残りの差） | PayPal 円換算 | （空欄。顧問の税理士に確認） |
- 換算の 4.00% の上乗せは、手数料の欄には出ず、換算のレートに入ります。取引の詳細で「手数料」として出ている額だけを支払手数料にし、残りの差は為替の差として分けておくと、あとで中身を説明しやすくなります（推定。科目の分け方は顧問の税理士に確認）
- 売上を何円で立てるか（請求した日のレートか、受け取った日のレートか）は、会社の決まりに合わせます
PayPal の明細を取り出す画面
PayPal のヘルプ「明細書とレポートを表示およびダウンロードする方法を教えてください。」に書かれている手順です。
- ［取引履歴］に移る
- ダウンロードのアイコンを押し、［カスタム］を押す
- 欲しいレポートを選び、画面の指示に従って［ダウンロード］を押す
月ごとの明細書は、paypal.com/reports/accountStatements で、目的の月の横の［請求］を押してダウンロードします。形式は PDF・CSV などで、過去7年分を1回に12か月まで取り出せる、と同じヘルプにあります。
- 決算のときは、月ごとの明細書の PDF を、仕訳の根拠として残しておくと、手数料の合計を説明しやすくなります
- CSV には、取引ごとに受け取った額・手数料・差し引いたあとの額が並ぶ形が多いと考えられます（推定。手元の CSV の列名で確かめる）。会計ソフトに入れる前に、手数料の列の合計が、月の明細書の手数料の合計と一致するかを確かめます
弥生会計 Next で、PayPal の行に毎回同じ形を付ける
弥生会計 Next では、明細を「明細ボックス」に入れ、仕訳ルールで科目を付けます。
明細ボックスを作る（明細ボックスを作成する（金融機関等との連携）、2026-10-02 確認）
- メニューから［明細ボックス］を選び、［＋新規作成］を押す
- 連携先の一覧で「PayPal」を検索する。出てくれば［オンライン連携で自動取得する］を押し、画面に沿って認証する
- 出てこなければ、［オフラインで手入力する］で PayPal 用の明細ボックスを作り、手で入れるか、明細データのファイルを上げて入れる（PayPal が連携先にあるかは、このページには書かれていません）
仕訳ルールを作る（明細ボックスで仕訳ルールを設定する、2026-10-02 確認）
- ［明細ボックス］画面の右上の［仕訳ルール］を押し、上の一覧で PayPal の明細ボックスを選ぶ
- ［＋新規作成］を押し、条件（収支区分・摘要の一致条件など）を入れる。手数料の行は、手元の明細に出る手数料の文字で当てる
- 勘定科目（支払手数料）・補助科目（PayPal など）を入れる。税区分は、顧問の税理士の返事が来てから入れる
- ［登録］を押す
手数料は取引ごとに額が変わるので、金額の条件は入れずに、摘要の文字だけで当てるほうが外れにくくなります。売上の行と手数料の行が1つの明細にまとまって入る場合は、ルールにまかせずに2行に分けて入れるところから始め、形が決まってからルールにします。
マネーフォワード クラウド会計を使っている場合の、1つの明細を2行に分ける自動仕訳ルールの作り方は 振込手数料の仕訳 の「会計ソフトで毎回同じ形にする」の節にあります。どちらのソフトにするかを比べているなら 弥生会計と freee 会計の比較（法人） があります。
顧問の税理士に送る一言（そのまま送れる文面）
◯の部分だけ書き換えます。
当社は PayPal（PayPal Pte. Ltd.、登録番号 T3700150006491）で代金を受け取っており、受取手数料（国内 3.60%＋40円、海外は +0.50%）が入金から差し引かれています。月の手数料の合計はおよそ◯円です。この手数料の消費税の税区分（課税仕入れ・非課税仕入・対象外のどれか）を教えてください。PayPal の手数料ページには消費税の記載がなく、国税庁の質疑応答「クレジット手数料」の非課税の扱いに当たるかも分かりませんでした。あわせて、外貨の受け取りで換算レートに含まれる上乗せ分を、為替差損で入れてよいかも確認させてください。
つまずきやすいところ
- 売上を差し引き後の額で入れる：請求書の額と売上が合わなくなり、手数料の合計も見えなくなります。売上（売掛金）と手数料の行を分けます
- 税区分を前の年の設定のまま流す：PayPal の手数料の税区分は、公式の資料で決まっていないところです。一度、顧問の税理士の返事をもらい、そのやり取りを残しておきます
- 換算の上乗せを手数料に足してしまう：取引の詳細の「手数料」と、換算の差は別のものです。混ぜると、手数料の額が PayPal の明細と合わなくなります
- 返金で手数料も戻ったと思って消す：手数料ページのとおり、受け取ったときの手数料は戻りません
- 少額で何度も引き出す：50,000円未満の引き出しは1回250円です。普通預金に入った額が PayPal の残高から減った額より少ないときは、引き出しの手数料の行が抜けています
税区分の欄を空けたまま確かめる取引が毎月たまるなら、迷っている点を1行ずつの質問リストにして、決算の前にまとめて送ります。税理士に決算のみ頼むときの質問リストと、決算前に渡すもの に表があります。
まとめ
- 科目は「支払手数料」がよく使われる（会社の決めた科目に合わせる）。売上は差し引かれる前の額で立て、手数料は別の行
- 手数料は国内 3.60%＋40円、海外は +0.50%、外貨の換算は基本為替レートに 4.00%を上乗せ（PayPal の手数料ページ、最終更新日 2026-01-22）。仕訳の根拠は取引の詳細の額
- 請求元は PayPal Pte. Ltd.（登録番号 T3700150006491、2023-10-01 登録）。登録があることだけでは、手数料の税区分は決まらない
- 国税庁の資料で非課税と書かれているのは、信販会社が加盟店から債権を譲り受けるときの差額（質疑応答「クレジット手数料」）。PayPal の手数料がそれに当たるかは書かれていないので、税区分は顧問の税理士に確認してから埋める
- 返金しても、受け取ったときの手数料は戻らない
- 銀行口座への引き出しは 50,000円未満だと250円。残高をためて月1回引き出すと、手数料の行も月1行で済む
次に読む
- 振込手数料の仕訳：差し引かれて入金されたときの3通りの扱いと、銀行の手数料で残す書類（問29・問103-2）
- Facebook・Instagram 広告（Meta）の勘定科目：広告費を PayPal で払う側に回ったとき、請求元がどの Meta の会社になるか
- 一人経理の月次の締め：手順④（残高を合わせる）で、PayPal の残高を月末の明細書の残高と照らす
- 弥生会計と freee 会計の比較（法人）
出典（2026-10-02 確認）
- PayPal ビジネスアカウント・プレミアの手数料（最終更新日 2026年1月22日）
- PayPal 資金決済法に基づく表示
- PayPal ヘルプ PayPalアカウントに対する手数料の金額を教えてください。
- PayPal ヘルプ 明細書とレポートを表示およびダウンロードする方法を教えてください。
- 国税庁 適格請求書発行事業者公表サイト：PayPal Pte. Ltd.（T3700150006491）（最終更新年月日 令和5年4月10日）
- 国税庁 質疑応答事例「クレジット手数料」（令和7年8月1日現在の法令・通達等。関係法令 消費税法施行令第10条第3項第8号・第9号・第10号）
- 国税庁 インボイスQ&A 問103-2 金融機関の入出金手数料や振込手数料（令和6年4月追加・令和7年6月改訂）
- 国税庁 No.6201 非課税となる取引（令和8年4月1日現在法令等）
- 弥生会計 Next サポート情報 明細ボックスを作成する（金融機関等との連携）・明細ボックスで仕訳ルールを設定する
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