健康診断の費用の勘定科目：会社が払う・役員だけ・再検査のときの消費税

結論

従業員全員（または一定の年齢以上の希望者全員）を対象に会社が払う健康診断は「福利厚生費」がよく使われ、役員だけが対象なら給与として課税される側に回ります。消費税は、治療でない健診は課税仕入れ、保険証を使った再検査の窓口負担は非課税が目安です。最後は顧問の税理士に確認します。

この記事が役に立つ人

• 健診機関から届いた請求書を、どの科目・どの税区分で入れるか迷っている経理の担当者
• 社長や役員だけ人間ドックを受けたいと言われ、会社で払ってよいか、払ったら何が変わるかを確かめたい人
• 健診のあとの再検査の費用を会社で持つことになり、その分の仕訳と消費税を知りたい人
• 従業員が健診代を立て替えたときに、どの書類を残せば消費税の控除ができるか知りたい人

事業主本人（個人事業主）の健康診断が事業の経費になるかは、この記事では扱いません。税務署か税理士に確認します。

「福利厚生費」は会計の呼び名、国税庁が見るのは「給与にあたるか」

科目の名前は会社が決めるもので、「福利厚生費」「法定福利費」「健康管理費」など、会社によって違います。国税庁の資料が示しているのは科目名ではなく、会社が払った健診代が、受けた人への給与（経済的利益）として課税されるかどうか です。

国税庁の質疑応答「人間ドックの費用負担」は、35歳以上の希望者全員に人間ドックを受けさせ、その検診料を会社が負担する会社の例について、給与等として課税する必要はない と答えています。理由として挙げられているのは次の点です。

• 健康管理の必要から、一般的に行われている人間ドック程度の健康診断の実施が、雇用主に義務付けられていること
• 一定年齢以上の希望者は全て検診を受けられること
• 検診を受けた人の全てを対象に、費用を負担していること

同じ回答は、役員や特定の地位にある人だけを対象に費用を負担する場合には課税の問題が生じる とも書いています。根拠の所得税基本通達36-29は、福利厚生のための費用を会社が負担して役員・使用人が受ける利益について、「著しく多額であると認められる場合」と「役員だけを対象として供与される場合」を除いて、課税しなくて差し支えないとしています。

法律で決まった健診の費用は、会社が持つもの

厚生労働省のFAQは、労働安全衛生法などで事業者に義務付けられている健康診断の費用は、事業者に実施の義務がある以上、当然に事業者が負担すべきもの としています。雇入れ時の健康診断や定期健康診断のように法律で決まった健診は、従業員に費用を払わせる形にはしません。

消費税：治療でない健診と、保険証を使った再検査で分かれる

国税庁のタックスアンサーNo.6201は、消費税がかからない医療を 健康保険法・国民健康保険法などによる医療、労災保険・自賠責保険の対象となる医療など と書いています。一方で、国税庁の別の質疑応答「人間ドックの費用」は、人間ドックその他の健康診断は 疾病の治療を伴うものではない としています。

このため、健診機関に払う健康診断・人間ドックの費用は非課税の一覧の外にあり、課税仕入れとして請求書に消費税が載っていることが多いです（推定）。実際の税区分は、健診機関の請求書・領収書の 税率の欄と登録番号 で確かめます。

再検査・精密検査は、受け方で変わります。

基本通達6-6-1・6-6-3 の本文は 第6節 医療の給付等関係 にあります。

再検査の費用をだれが持つか

石川労働局の 労働安全衛生法に基づく健康診断に関するFAQ（Q9）は、再検査・精密検査の費用負担は法令で決まっておらず、労使の話し合いや就業規則などで決める事項としています。ただし、一般健康診断の項目を検査し直して値を確定させるための再検査は、健康診断の範囲内として事業者が負担するものとしています。

会社が再検査の費用を持つと決めたら、就業規則や社内の規程に「だれの、どの費用を、いくらまで」を書き、対象の人に同じように払う形にしておくと、上の「課税しなくてよい側」の条件と照らし合わせやすくなります。給与として課税されるかどうかは、規程の中身を見せて顧問の税理士に確認します。

協会けんぽの健診を使うとき（令和8年度）

協会けんぽに入っている会社は、協会けんぽが費用の多くを補助する健診を使えます。協会けんぽの 新しい健診のお知らせ によると、令和8年度（2026-04-01〜2027-03-31）は次のとおりです。

会社が自己負担の分を持つ場合、会社の帳簿に載るのは 会社が払った自己負担の分だけ です。協会けんぽの補助の分は会社が払うものではないので、会社の仕訳には出てきません。

仕訳の例

金額は説明のための例です（5,500円は、協会けんぽの一般健診の自己負担の最高額）。科目は会社の決めたものに合わせ、税区分は請求書・領収書の表示に合わせます。

1. 従業員全員の定期健康診断を、健診機関に振り込んだ

• 税区分は、健診機関の請求書に書かれた税率の課税仕入れを選びます
• 請求書に受診者の一覧が付いてくる場合は、だれの分かを確かめてから保存します（全員を対象にしているかを、あとで説明しやすくなります）

2. 従業員が健診代を立て替え、会社が精算した

• 領収書の宛名が従業員の名前になっていることがあります。国税庁のインボイスQ&A 問94-2（令和6年4月追加）は、会社が負担すべき費用を従業員が立て替えた場合、宛名が従業員名の適格簡易請求書と、その人が会社に属していることが分かる従業員名簿等 を一緒に保存すれば、仕入税額控除をしてよいとしています
• 従業員名簿等がなく、立て替えた人を特定できない場合は、宛名が従業員名の適格簡易請求書に加えて、従業員が作った立替金精算書 を受け取って保存します

3. 役員だけ人間ドックを受け、会社が費用を払った

• 国税庁の質疑応答のとおり、役員だけが対象なら給与として課税する側に回ります。その場合、源泉所得税の対象になるか、給与の支払の記録にどう載せるか も含めて、顧問の税理士に確認します
• 法人税では、タックスアンサー No.5202 役員等に対する経済的利益 が、役員に継続して供与される経済的利益のうち毎月おおむね一定のものは定期同額給与として損金に入り、それ以外は損金に入らないとしています。年に1回の人間ドックがこれにどう当たるかは、税理士に確認する点です（推定で処理しない）
• 役員にも従業員と同じ規程で同じ健診を受けさせているなら、上の1と同じ形になり得ます。規程を見せて確認します

4. 保険証を使った再検査の窓口負担を、会社が持った

• 保険診療の一部負担金に係る療養は非課税（基本通達6-6-1・6-6-3）なので、税区分は 非課税仕入れ にあたるものが目安です。会計ソフトでどの区分を選ぶかは、顧問の税理士に確認します
• 同じ「福利厚生費」でも、健診（課税）と再検査（非課税）が混ざるので、補助科目で「健康診断」「再検査」と分けておくと、決算のときに税区分を見直しやすくなります（補助科目の作り方）

会計ソフトで、健診機関の明細に同じ科目を付ける

健診の振込は年に1〜2回でも、再検査や立替の精算は年の途中にばらばらに出てきます。銀行の明細に出る健診機関の名前で自動仕訳ルールを作っておくと、毎回の科目・税区分の選び直しが必要ありません。

マネーフォワード クラウド会計では、「自動仕訳ルール（通帳カード）」の画面から作ります（公式ガイド「自動仕訳ルール（通帳カード）」画面の使い方）。

1. 「仕訳ルールの新規作成」を開き、健診機関に振り込む口座を選ぶ
2. 明細の一致条件に、通帳の明細に出る健診機関の名前（カナの振込先名）を入れる
3. 作成される仕訳に、福利厚生費・補助科目「健康診断」・請求書の税率の課税仕入れを入れる

再検査の精算は従業員ごとの振込になり、名前では当てられないので、ルールにはせず、精算のたびに補助科目「再検査」と非課税仕入れで入れます。ルールの当たる順番や、CSVでまとめて作る方法は 自動仕訳ルールをCSVで一括登録する にあります。

顧問の税理士に聞くときの一言

そのまま送れる形にしました。◯の部分だけ書き換えます。

健康診断の費用の処理を確認させてください。・今年の健診：◯◯健診センターで、従業員◯名・役員◯名（全員が対象／◯歳以上の希望者全員／役員だけ）・人間ドック：対象は（例：35歳以上の希望者全員）、会社の負担は（例：1人◯円まで）・再検査：（会社が負担する／しない）。負担するなら、保険証を使った窓口負担を（全額／上限◯円）・いまの科目と税区分：（例：福利厚生費、健診は課税仕入れ10％、再検査は非課税仕入れ）給与として課税しなくてよい形になっているか、役員分の扱い（源泉所得税と法人税）、税区分がこれでよいかを教えてください。

健診機関の請求書と、健診・再検査について書いた社内の規程を添えて送ると、1回のやり取りで済みやすくなります。

よくある質問

Q. 「法定福利費」で入れてもよいですか？法定福利費は、会社が負担する社会保険料などに使われることが多い科目です（社会保険料の仕訳）。健康診断をどの科目に入れるかは、会社の決まりと顧問の税理士の指示で決めます。課税されるかどうかは、科目の名前ではなく、だれを対象にいくら払ったかで決まります。

Q. 従業員の家族の健診代も会社で持てますか？国税庁の質疑応答と通達36-29は、役員・使用人が受ける利益について書いたものです。家族の分は、この前提の外になるので、持つ前に顧問の税理士に確認します。

Q. 健診の結果、病気が見つかってそのまま治療になりました。健診代の扱いは変わりますか？会社の帳簿の扱いは、上の表のとおり「だれを対象に払ったか」で判断します。受けた人の医療費控除については、国税庁の質疑応答「人間ドックの費用」が、重大な疾病が見つかり引き続き治療を行った場合は健診の費用も医療費控除の対象に含まれるとしています（本人の確定申告の話で、会社の仕訳とは別です）。

まとめ

• 科目は会社の決めたもの（福利厚生費が多い）にそろえる。課税されるかは科目名でなく、対象と金額で決まる
• 全員、または一定年齢以上の希望者全員を対象に会社が負担する人間ドックは、給与として課税する必要はない（国税庁の質疑応答）。役員や特定の地位の人だけだと課税の問題が生じる（通達36-29）
• 法律で決まった健診の費用は、事業者が負担する（厚生労働省）。再検査の費用は就業規則などで決める（石川労働局FAQ）
• 消費税は、健診は課税仕入れが目安で、請求書の税率で確かめる。保険証を使った再検査の窓口負担は非課税（基本通達6-6-1・6-6-3）
• 立て替えの精算は、宛名が従業員の領収書と従業員名簿等を一緒に保存する（インボイスQ&A 問94-2）
• 役員分の源泉所得税と法人税、税区分の最後の判断は、顧問の税理士に確認する

出典（2026-10-01 確認）

• 国税庁 質疑応答事例 人間ドックの費用負担（令和7年8月1日現在の法令・通達等。関係法令通達：所得税基本通達36-29）
• 国税庁 所得税基本通達〔給与等に係る経済的利益〕36-29
• 国税庁 質疑応答事例 人間ドックの費用（令和7年8月1日現在の法令・通達等）
• 国税庁 タックスアンサー No.6201 非課税となる取引（令和8年4月1日現在法令等）
• 国税庁 消費税法基本通達 第6節 医療の給付等関係（6-6-1・6-6-3）
• 国税庁 タックスアンサー No.5202 役員等に対する経済的利益（令和7年4月1日現在法令等）
• 国税庁 インボイスQ&A 問94-2 従業員が立替払をした際に受領した適格簡易請求書での仕入税額控除（令和6年4月追加）
• 厚生労働省 健康診断の費用は労働者と使用者のどちらが負担するものなのでしょうか？
• 石川労働局 労働安全衛生法に基づく健康診断に関するFAQ（Q9）
• 協会けんぽ 新しい健診のお知らせ（令和8年度）
• マネーフォワード クラウド会計 「自動仕訳ルール（通帳カード）」画面の使い方